肝内胆管结石在治疗上的难度在于肝内胆管与肝实质之间的紧密关系，使肝脏受到更直接和严重的损害，继发性肝实质萎缩、纤维化、梗阻、肝内胆道感染等。因此需要早期、有效地得到系统治疗。而其有效的治疗方法则是外科手术治疗。